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Ausgangspunkt aller Analysen, Bewertungen und Maßnahmen zum Erreichen eines guten chemischen und ökologischen Zustandes der Oberflächengewässer ist das Einzugsgebiet aus welchem der gesamte Oberflächenabfluss an einer einzigen Flussmündung abfließt. Der Freistaat Thüringen hat Anteile an den Flussgebietseinheiten Elbe (Saale), Weser (Werra, Leine) und Rhein (Mainzuflüsse Steinach und Milz), die wiederum in Bearbeitungsgebiete untergliedert wurden. Die überregionale Verantwortlichkeit liegt bei den Flussgebietsgemeinschaften Elbe, Weser und Rhein.
Für jede Flussgebietseinheit wurde eine umfassende Bestandsaufnahme durchgeführt. Sie stellt den ersten Schritt bei der Umsetzung der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie dar.
Die Bestandsaufnahme enthält:
In Thüringen wurde die Einschätzung des Zustandes der Oberflächengewässer auf der Basis der zum damaligen Zeitpunkt vorhandenen Daten und Methodiken vorgenommen, da die offiziellen Untersuchungs- und Bewertungsverfahren noch nicht verfügbar waren. Die Ersteinschätzung wurde mit dem Bericht Bestandsaufnahme in Thüringen, Flüsse, Seen Grundwasser im Jahr 2004 abgeschlossen. Diese dient als Grundlage für alle weiteren Schritte zur Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie und wird in den Bewirtschaftungsplänen fortgeschrieben.