Bestandteil des Flussgebietsmanagements ist die Zusammenarbeit aller Institutionen und Personen, die im Flussgebiet agieren: Kommunen, Behörden, Ver- und Entsorger, Wasserverbände, Industrie, Landwirtschaft, Fischerei, Naturschutzverbände. Deren Aufgabe besteht darin, ein Gleichgewicht zwischen Ökologie und Ökonomie herzustellen. Einerseits gilt es den in den gesetzlichen Regelungen in Umsetzung der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie geforderten guten chemischen und ökologischen Zustand der Oberflächengewässer zu erreichen, andererseits müssen ökologische Maßnahmen mit der finanziellen Situation der Mitglieder (z. B. Kommunen, Wasserversorgungsunternehmen, Industrie) abgestimmt werden.