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Von den insgesamt 24 "biozönotisch bedeutsamen" Fließgewässertypen in Deutschland sind neun Typen in Thüringen vertreten. Sieben davon repräsentieren Typen des Mittelgebirges, zwei weitere sind den Typen des Tieflandes zugeordnet.
Der Typ 5 (grobmaterialreiche, silikatische Mittelgebirgsbäche) ist insbesondere im Thüringer Wald weit verbreitet. Er findet sich sowohl in den Oberläufen der Ilm, Apfelstädt und Gera als auch in den Werrazuflüssen an der Südseite des Thüringer Waldes.
Die feinmaterialreichen, silikatischen Mittelgebirgsbäche (Typ 5.1) sind im Bereich der Werra durch die linksseitigen Zuflüsse wie Parthe, Sülze, Herpf und Katz vertreten, im Bereich der Saale beispielsweise durch die Roda und im Gebiet der Weißen Elster unter anderem durch den Erlbach und die Rauda.
Im Thüringer Becken, am Harzrand sowie im Eichsfeld ist bei den kleinen Gewässern der Typ 6 (feinmaterialreiche, karbonatische Mittelgebirgsbäche) weit verbreitet. Er charakterisiert die rechtsseitigen Zuflüsse der Unstrut wie Gramme und Lossa ebenso wie die Oberläufe von Helme und Zorge sowie wesentliche Abschnitte der oberen Leine und die Bode. In Ostthüringen ist die Sprotte mit ihren Nebengewässern sowie die Wyhra diesem Typ zuzuordnen.
Fließgewässer des Typ 7 (grobmaterialreiche, karbonatische Mittelgebirgsbäche) sind in Thüringen im Oberlauf der Unstrut und der Helbe aufzufinden. Darüber hinaus werden eine Reihe von Gewässern mit einer sehr kurzen Lauflänge, die in entsprechenden geologischen Formationen entspringen, mitunter vollständig durch diesen Typ repräsentiert. Beispiele hierfür sind die Wilde Weiße, der Hopbach, die Lotte oder der Lehnstedter Bach.
Gewässer des Typs der silikatischen, fein- bis grobmaterialreichen Mittelgebirgsflüsse (Typ 9) finden sich im Werragebiet, so beispielsweise der Oberlauf der Werra, die Felda, die Ulster oder die Hörsel, sowie im Einzugsgebiet der Saale. Hier sind es die untere Loquitz, die untere Schwarza, die obere Saale oder die Weiße Elster oberhalb der Göltzschmündung.
Im Thüringer Becken sowie in Nordthüringen ist demgegenüber eher der Typ 9.1 (karbonatische, fein- bis grobmaterialreiche Mittelgebirgsflüsse) verbreitet. Er charakterisiert zum Beispiel die Biozönosen der Wipper, der mittleren Unstrut, der Gera, der unteren Zorge sowie den weitaus größten Teil der Ilm. In Südthüringen ist dieser Typ lediglich an der Rodach anzutreffen, in Ostthüringen lediglich an der Pleiße oberhalb der Einmündung der Sprotte.
Der Typ 9.2, der die großen Flüsse des Mittelgebirges charakterisiert, ist der Werra unterhalb der Haselmündung, der Saale unterhalb der Selbitzmündung, der Unstrut unterhalb der Mündung der Gera und schließlich der Weißen Elster unterhalb der Einmündung der Göltzsch zuzuordnen.
Die zwei in Thüringen vorkommenden Typen des Tieflands kommen ausschließlich in Ostthüringen vor. Zum einen sind dies die Löss-Lehm geprägten Tieflandbäche (Typ 18), so beispielsweise der Gerstenbach oder die Schnauder, zum anderen ist die Pleiße unterhalb der Sprottemündung als ein kiesgeprägter Tieflandfluss (Typ 17) anzusehen.
Übersichtskarte der Thüringer Fließgewässertypen (Format A3)
Karte der Fließgewässertypen mit OWK-Grenzen