Zur Anwendung kommen Elektrofischgeräte, die die Fische kurzzeitig betäuben, so dass sie an die Oberfläche kommen. Helfer sammeln die Fische mit Keschern ein, bestimmen die Art, zählen und vermessen die Fische um sie danach wieder ins Gewässer zu entlassen. Bei Fließgewässern, die „durchwatbar“ sind, erfolgt die Befischung mit Rucksack-Elektrofischgeräten. An größeren Gewässern, wie z. B. der Werra wird vom Boot aus gearbeitet. Befischt wurde jeweils eine festgelegte Strecke von 400 bzw. 500 m (mit Boot). Diese Vorgehensweise erfolgt mit Zustimmung der Fischereiberechtigten und bedarf einer behördlichen Genehmigung.

 

Die Ergebnisse der Befischung sind Grundlage für die Bewertung dieser Organismengruppe. In Deutschland gilt hier das einheitliche Bewertungsverfahren FiBS, welches die Fischfauna im Vergleich zum jeweils zutreffenden Fisch-Leitbild (Karte) bewertet. Bewertungsrelevant ist die Artenzusammensetzung, die „wandernde“ Arten besonders berücksichtigt und die Altersstruktur, die Aussagen zur Vermehrung der einzelnen Arten ermöglicht. Hintergrund ist, dass sich die Zusammensetzung der Fischfauna entsprechend den Strömungs-, Substrat-, Temperatur- und Sauerstoffverhältnissen im Gewässerverlauf ändert. Das ausgeprägte Wanderverhalten macht die Fische zu guten Indikatoren der Gewässerstruktur, deren Verbesserung einer der Schwerpunkte bei der Maßnahmenplanung zur Umsetzung der WRRL ist. Zunehmend dient die Ermittlung des Fischbestandes auch zur Erfolgskontrolle bei bereits umgesetzten Maßnahmen.