Rechtliche Grundlage für das Netz Natura 2000 bilden die Europäische Vogelschutzrichtlinie und die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (Link zu den Richtlinientexten siehe rechte Spalte). Die bei EU-Richtlinen notwendige Umsetzung in nationales Recht ist in Deutschland v. a. durch entsprechende Änderungen des Bundesnaturschutzgesetzes und weiterer Bundesgesetze sowie durch Änderungen der Landesnaturschutzgesetze geschehen.

Eine zentrale Rolle für die Umsetzung der Vogelschutzrichtlinie und der FFH-Richtlinie sowie für das Netz Natura 2000 spielen die Arten und Lebensräume von gemeinschaftlichem Interesse. Diese sind in den Anhängen zu den genannten Richtlinien aufgelistet. Durch die Vogelschutzrichtlinie werden 524 Arten geschützt. Die Anhänge I, II, IV und V der FFH-Richtlinie umfassen 231 Lebensraumtypen und über 1000 Tier- und Pflanzenarten. Nur ein Teil davon kommt in Thüringen vor.

Auswahl und Meldung der FFH- und Vogelschutzgebiete sind durch die Mitgliedsstaaten nach in den beiden Richtlinien festgelegten Verfahren durchzuführen. Die Thüringer Gebietsmeldung erfolgte in mehreren Schritten und wurde 2006 abgeschlossen.
Im Hinblick auf die gemeldeten und von der EU bestätigten Gebiete bestehen für die Mitgliedsstaaten verschiedene Verpflichtungen. Dazu gehört auch die Unterschutzstellung von Gebieten nach einer nationalen Schutzgebietskategorie des jeweiligen Mitgliedsstaates, in Deutschland z.B. als Naturschutzgebiet, wenn ein gleichwertiger Schutz nicht anderweitig erreicht werden kann.

Im Ergebnis der verschiedenen Gebietsmeldungen hat Thüringen 212 FFH-Gebiete, 35 punkthafte FFH-Objekte (mit geringer Flächenausdehnung) und 44 Europäische Vogelschutzgebiete an die EU gemeldet. Die Gesamtfläche dieser NATURA 2000-Gebiete in Thüringen umfasst - unter Berücksichtigung der Überschneidung von FFH-Gebieten und Europäischen Vogelschutzgebieten - insgesamt 272.268 ha, das sind 16,8 % der Landesfläche.

Die FFH-Richtlinie verpflichtet die Mitgliedsstaaten, für die besonderen Schutzgebiete die nötigen Erhaltungsmaßnahmen festzulegen, um den ökologischen Erfordernissen der dort vorkommenden Lebensraumtypen und Arten nach den Anhängen I und II der Richtlinie zu entsprechen. Dies kann in Form sogenannter Managementpläne für einzelne FFH-Gebiete geschehen. Für die Durchführung von Erhaltungs- und Entwicklungsmaßnahmen in Natura 2000-Gebieten stehen in Thüringen verschiedene Förderprogramme zur Verfügung.

Eine weitere Verpflichtung der Mitgliedsstaaten aus der FFH-Richtlinie besteht darin, in den Natura 2000-Gebieten erhebliche Verschlechterungen der natürlichen Lebensräume und der Habitate der Arten sowie Störungen von Arten, für die die Gebiete ausgewiesen worden sind (= Erhaltungsziele eines Gebietes), zu vermeiden. Konkret bedeutet dies, dass bei Plänen und Projekten, die ein Natura 2000-Gebiet erheblich beeinträchtigen könnten, ein entsprechendes Prüfverfahren durchzuführen ist (Verträglichkeitsprüfung, Verträglichkeitsvorprüfung). Im Ergebnis dieser Prüfung wird eine Verträglichkeit des Vorhabens mit den konkreten Erhaltungszielen bejaht oder verneint.

Alle Mitgliedsstaaten sind durch die FFH-Richtlinie verpflichtet, in ihrem Gebiet den Erhaltungszustand der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tier- und Pflanzenarten von gemeinschaftlichem Interesse zu überwachen (Art. 11 der FFH-Richtlinie). Die wichtigsten Ergebnisse dieses allgemeinen Monitorings sowie ein Bericht über die im Rahmen der Richtlinie durchgeführten Maßnahmen und deren Erfolg sind die Bestandteile eines Berichtes, den jeder Mitgliedsstaat alle 6 Jahre an die EU zu liefern hat (Berichtspflicht nach Art. 17 der FFH-Richtlinie).