Die Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie (FFH-Richtlinie), wie die "Richtlinie 92/43/EWG des Rates vom 21. Mai 1992 zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume sowie der wildlebenden Tiere und Pflanzen" in Kurzform genannt wird, verfolgt das Ziel, ein europaweites Netz besonderer Schutzgebiete zu errichten, das der Erhaltung bestimmter Lebensraumtypen (gemäß Anhang I dieser Richtline) sowie ausgewählter Tier- und Pflanzenarten (gemäß Anhang II) dient. Die FFH-Gebiete bilden - zusammen mit den EG-Vogelschutzgebieten, die nach der "Richtline 79/409/EWG des Rates vom 2. April 1979 über die Erhaltung der wildlebenden Vogelarten" (kurz EG-Vogelschutzrichtlinie) auszuweisen sind - das europäische Schutzgebietsnetz Natura 2000.
Die TLUG ist federführend für alle fachlichen Fragen im Zusammenhang mit der Meldung dieser Gebiete an die EU; dazu gehört die Auswahl der geeignetsten Gebiete mit Vorkommen von Lebensräumen und Arten von gemeinschaftlichem Interesse und die Erstellung der Meldeunterlagen (Karten, Standarddatenbögen). Sie führt die zentrale Dokumentation aller Natura 2000-Gebiete, ist verantwortlich für das allgemeine Monitoring der Arten und Lebensraumtypen und macht Stellungnahmen zu den Erhaltungs- und Entwicklungszielen der Gebiete.